Фамилия Ходунунов звучит необычно, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Перед нами модель на -ов, но основа — не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище. Сама фамилия образована от слова «ходун» или «ходуны». В русских говорах «ходуном» называли человека, который много ходит, непоседу, или того, кто ходит вразвалку, покачиваясь. В некоторых областях «ходуном» могли прозвать и странника, бродягу — того, кто постоянно в пути. Вторая буква «у» в фамилии (Ходунунов) указывает на то, что исходное прозвище было «Ходун», а не «Ходунок». Суффикс -ун- в прозвищах часто давал оттенок деятеля, склонного к действию: говорун, бегун, крикун. Ходун — человек, чья жизнь или характер связаны с ходьбой.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «ходун» в значении «шатун» или «болтун» (в смысле тот, кто качается, шатается). В северных и сибирских говорах «ходуном» называли и деталь ткацкого станка, и часть мельницы. Однако для прозвища человека это значение маловероятно. Куда правдоподобнее, что фамилия отражает поведение или род занятий: предок мог быть пешим гонцом, ходоком, или просто очень подвижным человеком.

С точки зрения географии фамилия редкая. Она встречается в основном в Сибири и на Урале, что типично для прозвищных фамилий, образованных от живых диалектных слов. В центральных областях России «ходунов» почти нет. Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где ценили прозвища за точность, а не за благозвучие.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ходунов, Ходунков — показывает, что Ходунунов стоит особняком. Двойной суффикс -ун- и -ов- здесь не случаен: это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом -ун, где к основе добавляли -ов (ср. Говорунов, Крикунов). То есть фамилия означает «сын Ходуна», и её исходная форма — Ходунов. Почему появилась лишняя буква «у»? Скорее всего, это результат народной этимологии или описки в документах: писарь мог записать фамилию на слух, как «Ходунунов», усилив звучание. В любом случае, носители этой фамилии могут быть уверены: их предка отличала неутомимость или страсть к передвижениям.