Фамилия Холуянов — яркий пример того, как слово, имевшее в прошлом чёткое социальное значение, стало основой для прозвища, а затем и фамилии. Вопреки распространённому мнению, её корень не обязательно связан с современным бранным значением «подхалим» или «раболепный человек». В основе лежит слово «холуй», которое в русских говорах XVI–XVII веков означало прежде всего «слуга», «работник», «человек, выполняющий чёрную работу». Прозвище Холуй могли дать крепостному, дворовому или батраку — не в качестве оскорбления, а по роду занятий, как, например, фамилии Кучерявов, Поваров или Конюхов.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище Холуй плюс притяжательный суффикс -ан (как в Козан, Губан) и далее фамильный суффикс -ов. Таким образом, Холуянов буквально означает «сын Холуя» или «потомок того, кого звали Холуй». Суффикс -ан в прозвищах часто указывал на человека, обладающего ярко выраженным признаком или склонностью к чему-либо, поэтому в данном случае прозвище могло закрепиться за тем, кто постоянно находился «в холуях» — прислуживал.

Интересно, что у фамилии есть и географическая привязка, которая может менять интерпретацию. В старых писцовых книгах встречается название деревни Холуй (например, в бывшей Владимирской губернии) — по реке Холуйка. В этом случае фамилия могла возникнуть не от прозвища, а от названия места: переселенец из деревни Холуй получал прозвание Холуянов, то есть «выходец с Холуя». Такое образование с суффиксом -янов встречается реже, чем с -ов, но вполне возможно для указания на жителя определённой местности.

Фамилия не относится к числу аристократических или дворянских — её носителями были в основном крестьяне и мещане центральных губерний России. В дореволюционных метрических книгах Холуяновы чаще всего записаны в Костромской, Ярославской и Владимирской губерниях. Встречается также вариант написания Холуяновъ с твёрдым знаком на конце, что характерно для дореформенной орфографии.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Холуев, Холуйцев) показывает, что Холуянов стоит особняком именно из-за суффикса -ан, который придаёт прозвищный, почти патронимический оттенок. Если Холуев — это просто «чей-то холуй», то Холуянов — «сын того, кто звался Холуем», что делает фамилию личной, а не сословной характеристикой.