Фамилия Хондрюков — редкая и морфологически прозрачная: это типичная русская патронимическая фамилия с суффиксом -ов, образованная от прозвища или имени Хондрюк. Основа Хондрюк- восходит к личному имени Хондрий, которое, в свою очередь, является просторечной формой канонического имени Кондратий (от латинского conditus — «устроенный, основанный»). Фонетические изменения здесь обычны для народной речи: начальное «к» перешло в «х» под влиянием аканья и диалектного произношения, а суффикс -юк вместо ожидаемого -ий указывает на южнорусское или украинское влияние. Таким образом, Хондрюков — это «сын Хондрюка», то есть потомок человека, которого в быту звали Хондрик, Хондря или Хондрюк.

География фамилии узкая: в исторических документах и современных справочниках она преимущественно встречается в южных областях России — в Воронежской, Ростовской, Волгоградской областях, а также на Кубани. Это логично сочетается с моделью образования: суффикс -юк характерен для украинской и южнорусской антропонимии (ср. Ковалюк, Иванюк), и фамилия Хондрюков могла возникнуть в среде переселенцев с Украины или в зоне смешанного русско-украинского населения. В северных и центральных губерниях подобная форма не фиксируется.

О социальном статусе первых носителей можно судить косвенно. Фамилии на -ов в крестьянской среде закрепились в основном после отмены крепостного права в 1861 году, когда бывшим помещичьим и государственным крестьянам массово давали фамилии по отцу или деду. Хондрюков — типичная «уличная» или «деревенская» фамилия, образованная от обиходного имени, а не от прозвища по ремеслу или внешности. Это значит, что предки носителя, скорее всего, были крестьянами, а корень фамилии — просто вариант имени Кондрат, без дополнительного смыслового слоя.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Хондрюков — одна из многих вариаций на тему Кондратия: Кондратьев, Кондратов, Кондрюков, Хондрыков, Хондряков. Разница в суффиксах и огласовке указывает на разные диалектные зоны и эпохи фиксации. Хондрюков стоит в этом ряду особняком из-за редкого сочетания «х» и «юк»: если бы фамилия писалась как Кондрюков, она была бы более ожидаема. Переход «к» в «х» мог произойти случайно, при записи фамилии малограмотным писарем, или же закрепиться как местная особенность произношения. В любом случае, это не описка, а устойчивая форма: носители фамилии Хондрюков существуют и сегодня, хотя их немного.