Фамилия Хордунов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью, а с конкретным ремеслом или музыкальным инструментом. Корень здесь — «хордун» или «хорды». В русских говорах и в украинском языке «хордун» (или «хордон») называли волынку — народный духовой инструмент. Соответственно, Хордунов — это потомок волынщика, музыканта, который играл на свадьбах и ярмарках. Модель образования типична для восточнославянских фамилий: прозвище на -ун (как Говорун, Болтун) плюс патронимический суффикс -ов, то есть «сын Хордуна».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «хорда» (струна, жила). Тогда Хордун — человек, делавший струны для музыкальных инструментов, либо тот, кто играл на струнном инструменте. Однако форма «хордун» с суффиксом -ун прочнее ассоциируется именно с волынкой, так как в русских говорах это слово фиксируется как прямое название инструмента, а не как «струнник».

Географически фамилия тяготеет к южным и юго-западным регионам России и Украины. Она встречается в документах XVII–XVIII веков среди казаков и мещан Черниговщины, Полтавщины, Слобожанщины — в местах, где волынка была популярным инструментом. В более северных областях она почти не встречается.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же «музыкальных» прозвищ, ставших фамилиями: Гудков (от гудок — старинный смычковый инструмент), Свиридов (от свирель), Сопельников (от сопель — свистковая флейта). Хордунов — самая редкая в этом ряду, но именно она прямо указывает на конкретный, почти забытый сегодня инструмент.

Встречается вариант написания Хардунов — через «а» в первом слоге, что связано с аканьем в южнорусских говорах. Но исходная форма с «о» закрепилась в письменных источниках раньше.