Фамилия Хоркунов образована от прозвища или нецерковного имени Хоркун. Основа здесь — глагол «хоркать», который в русских говорах имеет несколько значений: кашлять, хрипеть, откашливаться, а иногда и плевать. Соответственно, Хоркуном в старину могли прозвать человека с хриплым голосом, того, кто постоянно кашляет или отхаркивается. Прозвища по физиологическим особенностям — один из самых древних и распространённых пластов русских фамилий, и в этом смысле Хоркунов стоит в одном ряду с Пердуновым, Храпуновым или Сипягиным.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе на твёрдый согласный. Это указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где преобладала патронимическая форма на -ов, то есть в великорусских землях, преимущественно на севере и в центральной части России. Вариант с суффиксом -ин (Хоркунин) был бы логичен, если бы основа оканчивалась на -а или -я, но «Хоркун» даёт именно -ов.

Интересно, что фамилия Хоркунов — редкая. По данным современных справочников, она встречается точечно, в основном в Нижегородской и Кировской областях, а также в некоторых районах Удмуртии. Это наводит на мысль, что прозвище могло быть локальным, диалектным. В словаре Даля слово «хоркать» отмечено как северное и восточное, что совпадает с географией фамилии. Возможно, предки носителей фамилии жили в Вятской или Пермской губерниях, где такие говоры были распространены.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «хоркун» — «страх», «боязнь». Но тогда логичнее было бы ожидать фамилию Хоркунов от имени Хоркун, данного ребёнку как оберег от сглаза (чтобы не боялся). Однако русская диалектная основа выглядит убедительнее: она объясняет и звучание, и географию, и типичную для крестьянской среды мотивацию прозвища.

Таким образом, Хоркуновы — это потомки человека, которого окружающие запомнили по хриплому голосу или привычке покашливать. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская, и её редкость говорит о том, что исходное прозвище не вышло за пределы узкого круга семей или одной волости.