Фамилия Хриптун образована по редкой, но выразительной модели: основа «хрип-» плюс суффикс «-тун». В русском языке этот суффикс встречается нечасто и почти всегда придаёт слову оттенок насмешки или постоянного свойства. Сравните: говорун, ворчун, молчун, крикун. Хриптун — тот, кто постоянно хрипит, говорит с хрипотцой. Прозвище могли дать человеку с сиплым голосом от природы, из-за болезни (например, после перенесённого ларингита) или профессиональной привычки — скажем, зычному приказчику, который целый день выкрикивал товар на базаре.

Сама основа «хрип-» восходит к общеславянскому корню со значением «сипеть, издавать глухой звук». В древнерусском языке слово «хрипъ» означало не только хрипоту, но и грубый, надтреснутый голос. Прозвище Хриптун фиксируется в документах XVI–XVII веков в северных и центральных уездах России — в писцовых книгах встречаются крестьяне и посадские люди с таким именованием. Фамилия закрепилась в основном в среде крестьянства и мещанства: дворянских родов Хриптун не известно, что говорит о её «низовом» происхождении.

Наиболее вероятная версия происхождения — именно от прозвища по голосовой особенности. Альтернативная гипотеза, связывающая фамилию с диалектным словом «хриптун» в значении «скупой, жадный человек» (от «хрипеть» как сжимать горло), менее убедительна: она не подтверждается словарями русских говоров. Встречается также вариант фамилии Хриптунов, образованный по более распространённой модели с суффиксом «-ов», но исходная форма без суффикса — Хриптун — сохранилась как архаичная, что делает её особенно интересной для ономастики. По данным современных переписей, фамилия редкая, сконцентрирована в основном в Центральной России и Поволжье.