Фамилия Христиненко — наглядный пример того, как украинская модель фамилии закрепила церковное имя. В её основе лежит каноническое имя Христина (от греческого Χριστός — Христос), а суффикс -енко указывает на происхождение: так в Украине называли сына, потомка или ученика. Буквально: «маленький Христина» или «сын Христины».

Интересно, что исходное имя Христина в народной среде часто путали с более распространённой Кристиной, а в быту могли переделывать в Христя. От этих уменьшительных форм пошли и другие восточнославянские фамилии: Христин, Христофоров, Христенко. Но именно форма Христиненко — редкая, с удвоенным суффиксом -енко, что встречается у фамилий, образованных от полных имён (сравните: Иваненко и Иваниненко, хотя последнее — скорее белорусский вариант).

Географически фамилия привязана к левобережной Украине и югу России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне. В ревизских сказках Полтавской и Черниговской губерний встречаются единичные записи «Христиненко» — почти всегда в сёлах, где жили казаки или государственные крестьяне. Это подсказывает, что предки носителя фамилии не принадлежали к дворянству или духовенству, а были простыми земледельцами.

Словообразовательная модель проста: корень Христин- + суффикс -енко. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Христи́ненко, хотя в устной речи возможны варианты. Фамилия не имеет отношения к греческому «Христос» напрямую — это именно отчество от женского имени, что само по себе редкость: большинство фамилий на -енко образованы от мужских имён.