Фамилия Христофи — одна из тех, что сразу выдают связь с христианским именем Христофор. В переводе с греческого Χριστόφορος означает «носящий Христа», и в средневековой Европе это имя было очень популярно благодаря легенде о святом Христофоре, перенёсшем младенца Иисуса через реку. Однако сама фамилия Христофи — не русская по происхождению и не укладывается в привычные модели русских фамилий на -ов или -ин.

Ключ к пониманию фамилии — в суффиксе -и. В русской традиции такой суффикс встречается редко, зато он типичен для молдавских, румынских и греческих фамилий, где -и указывает на родительный падеж или принадлежность. Христофи может означать «(сын) Христофора» или «из рода Христофора». В греческой среде фамилия часто писалась как Χριστοφή или Χριστοφίδης, но при переходе в русский язык окончание могло сократиться до -и.

Вероятнее всего, носители фамилии Христофи — потомки греков, молдаван или румын, переселившихся на территорию Российской империи. В XIX веке греческие купцы и ремесленники оседали в Одессе, Таганроге, Кишинёве, а молдавские крестьяне — в Бессарабии. Фамилия могла закрепиться за человеком, чей отец или дед носил имя Христофор, но со временем отчество превратилось в родовое прозвище.

Встречается и менее распространённая версия: что Христофи — это искажённое украинское или белорусское прозвище от слова «хрест» (крест), но она слабая, так как суффикс -и нехарактерен для восточнославянских фамилий. Если же фамилия записана с ударением на последний слог — Христофи́ — это почти наверняка указывает на греческое или румынское происхождение, где ударение подвижно.

Сейчас фамилия Христофи — редкая. В России она встречается единично, чаще в южных регионах и Причерноморье. Носителям стоит искать корни не в древнерусских боярских списках, а в метрических книгах греческих церквей Одессы или в записях молдавских переписей XIX века.