Фамилия Хронусов — одна из тех, где корень на первый взгляд кажется ясным, но при ближайшем рассмотрении ставит в тупик. Самое очевидное, что приходит в голову, — связь с греческим богом времени Хроносом. Однако в русской ономастике такие прямые заимствования из античной мифологии в качестве основы для крестьянских или мещанских фамилий практически не встречаются. Фамилии на «-ус» (Хронусов, Мамонтов, Кондратов) обычно образовывались от просторечных форм крестильных имён, и Хронус здесь — не исключение.

Скорее всего, в основе лежит неканоническая форма имени Хрон, которое могло быть вариантом редкого греческого имени Хроний (от χρόνος — «время») или же народным переосмыслением имени Харлампий. Суффикс «-ус» характерен для южнорусских и украинских говоров, где имена часто «латинизировали» на польский манер: Хрон превращался в Хронуса. Соответственно, Хронусов — это притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей сын?», то есть сын Хронуса.

Вторая, более прозаичная версия — прозвище. «Хронусом» или «хронем» в некоторых диалектах могли называть ворчуна, брюзгу или человека с тяжёлым, «скрипучим» характером. Слово могло звукоподражательно происходить от «хронькать» — издавать недовольные звуки. В этом случае фамилия Хронусов — типичное «прозвищное» образование, закрепившееся за родом.

Интересно, что фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. Встречаются варианты написания с одной «с» (Хронусов) или с буквой «а» (Хранусов), что указывает на «акающее» произношение. Из-за редкости корня фамилия почти не попала в дореволюционные дворянские родословные книги — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию при переписях XIX века.