Фамилия Хронусова — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а греческая, но оформлена по русской модели. В центре стоит слово «хронос» (χρόνος) — время. Вряд ли предок был философом или божеством; в бытовых прозвищах греческие корни часто давали людям с каким-то пунктуальным или, наоборот, медлительным характером, либо тем, кто работал с часами или календарями.

Фамилия образована с помощью суффикса -ов-, который типичен для русских фамилий, отвечающих на вопрос «чей?». К основе Хронус (вероятно, прозвище или адаптированная фамилия отца) добавили окончание -а, получив женскую форму Хронусова. Мужской вариант — Хронусов. Суффикс указывает на принадлежность: сын Хронуса.

Географически фамилия может быть связана с южными регионами России или Украины, где в XIX веке были распространены греческие поселения (Приазовье, Мариуполь, Одесса). Среди греков-переселенцев фамилии на -ов нередко калькировали греческие прозвища. Альтернативная версия — искусственное происхождение: в духовных семинариях ученикам иногда давали «красивые» фамилии от греческих слов. Хронусов могло быть дано семинаристу, отличавшемуся пунктуальностью или изучавшему летосчисление.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Хронов, Хронин) показывает, что основа «хрон» в русском ономастиконе встречается крайне редко. Это делает фамилию Хронусова не просто редкой, а почти уникальной по корню. Если предок не был семинаристом, то носитель, вероятно, происходит из семьи греческих колонистов, где прозвище «Хронус» (Время) закрепилось за дедом по какой-то бытовой черте.