Фамилия Худавердов — одна из тех, что выдают в своем носителе потомка человека с Востока, скорее всего армянина или тюрка, принявшего русское подданство или просто оказавшегося в русской языковой среде. Её основа — арабское имя Худаверди (Худа-Верди), что переводится как «Бог дал» (от «Худа» — Бог и «верди» — дал). Это имя-пожелание, распространенное у народов, исповедующих ислам, но особенно популярное у армян, которые, будучи христианами, заимствовали арабо-персидские имена в быту.

Русский суффикс -ов превратил восточное имя в типичную русскую фамилию. Произошло это, скорее всего, в XIX веке, когда на Кавказе и в Закавказье активно шла русификация документации. Священники, писаря или чиновники записывали местных жителей в метрики и ревизские сказки, добавляя к их именам русские окончания. Так Худаверди стал Худавердовым. Важно, что ударение в русском варианте почти всегда падает на последний слог — Худавердо́в, в отличие от исходного имени, где оно плавающее.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия редкая. В ней нет русского корня, а суффикс -ов крепится прямо к полному имени, без промежуточных формантов (как, например, в фамилиях от прозвищ). Это указывает на относительно позднее происхождение и на то, что носитель был крещён (или просто учтён) под этим именем, а не под уменьшительной формой. В армянской среде аналогом часто служит фамилия Худавердян, в азербайджанской — Худавердиев. Русская форма на -ов говорит о том, что предок жил в регионе, где русский язык был государственным, или перебрался в центральные губернии.

Кем мог быть предок? Скорее всего, ремесленником, торговцем или крестьянином. Имя «Богом данное» не несет сословной окраски — его давали в надежде, что ребенок будет желанным и счастливым. Дворянских родов с такой фамилией в истории России не зафиксировано. Фамилия встречается в основном у армян, а также у горских евреев и народов Дагестана, что подтверждает её общую восточную природу. Сегодня носители Худавердовых живут в России, Армении, Грузии, а также в диаспорах по всему миру, но численно эта фамилия остается довольно редкой.