Фамилия Худяковам — это форма родительного падежа множественного числа от фамилии Худяков, но в бытовом контексте так могли назвать целую семью или род: «дом Худяковых». Сама фамилия Худяков образована от прозвища Худяк, а оно, в свою очередь, от прилагательного «худой». В древнерусском языке слово «худой» имело более широкий смысл, чем сейчас: оно означало не только «тощий», но и «плохой», «незнатный», «бедный», а также «слабый» или «хилый». Прозвище Худяк могли дать человеку невысокого роста, худощавому телосложению или же тому, кто происходил из низшего сословия, из «худых людей» — так на Руси называли простолюдинов, не принадлежащих к боярству или дворянству.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: основа (Худяк) + суффикс принадлежности -ов. Суффикс -як в прозвище — уменьшительно-уничижительный или просто характеризующий (ср. «добряк», «здоровяк»). То есть Худяк — это человек, выделяющийся своей «худобой» в прямом или переносном смысле. Фамилия фиксируется в письменных источниках с XV–XVI веков: в переписях и писцовых книгах встречаются крестьяне и посадские люди с таким именованием.

Интересно, что в некоторых говорах «худяк» могло означать не только человека, но и нечто другое: например, в архангельских диалектах так называли плохую, мелкую рыбу, а в сибирских — скудный урожай. Однако для фамилии основным остаётся антропонимическое значение — прозвище по внешнему виду или социальному статусу. Встречается фамилия Худяков повсеместно, но чаще в центральных и северных регионах России, что связано с древностью прозвища и его распространённостью среди крестьянства.

Сравните с однокоренными фамилиями: Худов, Худенков, Худышкин — все они восходят к тому же корню «худ-», но различаются суффиксами и оттенками значения. Худяков — самый частотный вариант, и его носители, скорее всего, были обычными крестьянами или горожанами, получившими прозвище от окружающих по характерной черте.