Фамилия Худышев — не самая частая, но вполне прозрачная по своему происхождению. В её основе лежит прозвище Худыш, которое в старину давали человеку худощавого, невысокого или слабого телосложения. Слово «худой» в древнерусском языке имело не только современное значение «тощий», но и «плохой», «некачественный», «слабый», поэтому прозвище могло относиться и к бедняку, и к неудачливому работнику. Однако в подавляющем большинстве случаев именование Худыш фиксировалось именно как характеристика внешности — человека небольшого роста и сухого сложения.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: Худышев — это «сын Худыша». Если бы прозвище оканчивалось на -а (Худа, Худыга), фамилия звучала бы как Худин или Худыгин, но форма Худыш дала именно такой вариант. Интересно, что в некоторых говорах слово «худы́ш» могло означать не просто худого, а «худого в кости» — то есть человека с тонкой, изящной фигурой, без негативного оттенка. В любом случае, фамилия образована от личного прозвища, а не от крестильного имени.

По географическому распространению фамилия Худышев встречается в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях. Там слово «худой» в значении «тощий» сохранялось дольше, а прозвища по внешнему виду были обычным делом. В южных и сибирских областях фамилия редка, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение.

Стоит отметить, что фамилия Худышев не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням, хотя иногда её ошибочно сближают с татарским словом «худ» (судьба) или коми-зырянскими основами. Это чисто славянское образование, и все варианты с иноязычной этимологией — результат народной этимологии, не подтверждённой документами. В старых писцовых книгах XVII века можно встретить крестьян Худышевых в Шенкурском уезде, что лишний раз подтверждает бытовое, а не аристократическое происхождение фамилии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Худяков, Худов, Худенёв — то Худышев стоит особняком благодаря редкому суффиксу -ыш. Такая модель (Кадыш → Кадышев, Малыш → Малышев) встречается реже, чем -як или -ак, и делает фамилию более узнаваемой. Носитель фамилии Худышев может с большой вероятностью считать своими предками крестьян или посадских людей Русского Севера, получивших прозвище за внешнюю стать, а не за характер или ремесло.