Фамилия Худышин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Худыша восходит к слову «худой» - «тот, кто худ телом, худощавый, поджарый и бледный, хилый, болезненный на вид, опалый». Однако Худышой не обязательно называли истощённого человека. Гораздо чаще это прозвище давали бедняку. В старину говорили: «Худо можется и кость не гложется», «Худ муженек – а завалюсь за него, не боюсь никого!». Веселовского записаны родственные прозвища и фамилии: Худыка Кузьма Данилович Внуков, митрополичий слуга, 1507 г.; Худяк Мерлин, помещик, середина XVI в., Тверь; Евпл Игнатьевич Салтыков, начало XVI в.; Худяк Евсилий, середина XVI в.; Федор Данилович Худяк Загряжский, 1602 г. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Худыша, со временем получил фамилию Худышин. О точном месте и времени возникновения фамилии Худышин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Худышин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.