Вероятно, оно ведет свое начало от прилагательного «худой» - «сухощавый». Соответственно, прозвище Худыш отражало особенности внешности основателя фамилии. Кроме того, в старину худым называли все плохое, дурное, неладное. В данном случае, надеясь иметь здорового, благополучного мальчика, родители назвали его Худышем.