Прозвище Худыша восходит к слову «худой» - «тот, кто худ телом, худощавый, поджарый и бледный, хилый, болезненный на вид, опалый». Однако Худышой не обязательно называли истощённого человека. Гораздо чаще это прозвище давали бедняку. В старину говорили: «Худо можется и кость не гложется», «Худ муженек – а завалюсь за него, не боюсь никого!». Веселовского записаны родственные прозвища и фамилии: Худыка Кузьма Данилович Внуков, митрополичий слуга, 1507 г.; Худяк Мерлин, помещик, середина XVI в., Тверь; Евпл Игнатьевич Салтыков, начало XVI в.; Худяк Евсилий, середина XVI в.; Федор Данилович Худяк Загряжский, 1602 г. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Худыша, со временем получил фамилию Худышин. Фамилия Худышин образована от прозвища Худыша, которое, очевидно, этимологически связано со словом «худой» в значении «поджарый, нетолстый» или же «бледный, болезненный на вид». Таким образом, прозвище Худыша могло указывать на внешние особенности предка — его худобу или болезненный вид. Однако прозвище Худыша могло быть связано с прилагательным «худой» в значении «небогатый, слабый хозяйством». В этом случае прозвище Худыша свидетельствовало о социальном статусе и материальном положении предка. По другой версии, фамилия Худышин ведет начало от дохристианского охранительного имени Худыша. Так, желая ребенку богатства, родители называли его Худышей. Веселовского записаны родственные прозвища и фамилии: митрополичий слуга Худыка Кузьма Данилович Внуков (1507 год), тверской помещик Худяк Мерлин (середина XVI века), Худяк Евсилий (середина XVI века), Федор Данилович Худяк Загряжский (1602 год). Так и прозвище Худыша закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Худышин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Худыша, со временем получил фамилию Худышин.