Фамилия Худышина образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ин. Такие фамилии обычно возникали от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — прозвище или нецерковное имя Худыш.

Слово «худой» в древнерусском языке имело несколько значений. Помимо прямого указания на телосложение (тощий, сухопарый), оно означало «бедный, скудный, незнатный». В старину Худым или Худышем могли прозвать небогатого крестьянина, человека невысокого происхождения или просто очень худого от природы. Нецерковные имена, описывающие внешность или социальное положение, были обычным делом на Руси до XVII века — они служили оберегами или просто точными характеристиками.

Фамилия Худышина — женская форма, мужской вариант — Худышин. Встречается она не повсеместно: основные очаги бытования — центральные и северные области России, в частности Вологодская, Костромская и Кировская области. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в среде крестьянского или посадского населения именно этих регионов.

С точки зрения словообразования интересен суффикс -ыш, который в русском языке придаёт слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок (сравните: глупыш, малыш, крепыш). В прозвище Худыш этот суффикс скорее смягчал характеристику, делая её не оскорбительной, а бытовой, почти ласкательной. То есть Худыш — это не «очень худой», а скорее «худенький», «худоватый».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Худышин стоит в одном ряду с Худяковым, Худовым, Худенко. Но в отличие от них, фамилия на -ышин (с суффиксом -ыш) — более редкая и локальная. Она не попала в число массовых дворянских или купеческих фамилий, а осталась в народной среде, что делает её прямым свидетельством крестьянского быта и традиции давать прозвища по внешнему виду.