Фамилия Худышкин образована от личного прозвища Худышка и относится к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ин». Этот суффикс указывал на принадлежность: Худышкин буквально значит «сын Худышки», «из семьи Худышки».

Прозвище Худышка восходит к слову «худой» — «тот, кто худ телом, худощавый, поджарый и бледный, хилый, болезненный на вид, опалый». Однако Худышкой не обязательно называли истощённого человека. Гораздо чаще это прозвище давали бедняку, человеку скудному достатком, а не телом. В старину говорили: «Худо можется и кость не гложется», «Сам худ, голова с пуд? Безмен», «Худ муженек — а завалюсь за него, не боюсь никого!». Пословицы показывают, что слово «худой» в живой речи значило не только «тощий», но и «бедный», «слабый», «неимущий».

В ономастических трудах С. Б. Веселовского записаны родственные прозвища и фамилии: Худыка Кузьма Данилович Внуков, митрополичий слуга, 1507 г.; Худяк Мерлин, помещик, середина XVI в., Тверь; Евпл Игнатьевич Салтыков, начало XVI в.; Худяк Евсилий, середина XVI в.; Федор Данилович Худяк Загряжский, 1602 г. Эти записи показывают, что прозвища с корнем худ- были широко распространены в разных слоях общества — от митрополичьих слуг до помещиков. Форма Худышка — уменьшительно-ласкательная, она могла подчеркивать не столько внешний вид, сколько отношение окружающих: так могли назвать младшего, безобидного или небогатого человека.

Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Худышка, со временем получил фамилию Худышкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Худышкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Худышкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры, а её носители могут считать себя наследниками древней традиции именования по личным качествам и социальному положению предка.