Фамилия Хусайнова — это ещё один пример того, как русская фамилия может быть образована от арабского имени. Основа здесь — мужское имя Хусайн (Хусейн, Хусейн), которое в переводе с арабского означает «хороший», «добрый», «красивый». Это имя особенно почитаемо в исламе: Хусейн — внук пророка Мухаммеда, сын Али и Фатимы. В России и странах бывшего СССР имя получило широкое распространение среди татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Фамилия образована по классической русской модели: к основе Хусайн добавили суффикс -ов, а затем — окончание -а, указывающее на женский род. То есть Хусайнова — это форма женского рода, а исходная фамилия звучит как Хусайнов. Такая модель — «имя + -ов» — в русском языке традиционно означала принадлежность: «чей?» — Хусайнов, то есть сын (или дочь) человека по имени Хусайн. В отличие от фамилий на -ин, которые часто образовывались от основ на -а/-я, здесь мы видим типичный патроним на -ов, что характерно для фамилий, возникших у тюркских и кавказских народов в XIX–XX веках при переходе к русской системе.

Сам корень Хусайн нередко путают с именем Хасан (оба — внуки пророка). Но разница принципиальна: Хасан означает «красивый», а Хусайн — его уменьшительная форма, то есть «красивенький», «хорошенький». В фамилиях эта разница сохраняется: Хусайновы и Хасановы — разные роды. Встречаются и варианты написания: Хусейнов, Хусаинов, Хусенов. Всё зависит от местной диалектной передачи звука «ей/ай» и от того, как имя записали в метриках или паспортах. В татарской среде, например, распространена форма Хусаинов, а в чеченской или ингушской — Хусейнов.

Географически фамилия Хусайнова чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, в республиках Северного Кавказа, а также в среде узбекской и таджикской диаспор в России. В дореволюционной России носители фамилии были в основном крестьянами или ремесленниками, но встречались и купцы, особенно среди казанских татар. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия народная, без аристократического прошлого, но с глубокой религиозно-культурной основой.