Фамилия Кибаленко — типичный пример украинской фамилии, образованной по самой распространённой в этой среде модели: с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс указывал на происхождение по отцу, то есть «Кибаленко» буквально значит «сын Кибалы» или «потомок Кибалы». Такие фамилии массово закрепились в XVI–XVII веках, особенно на Левобережной Украине, в Полтавской, Черниговской, Киевской губерниях. Именно там и сегодня встречается большинство носителей этой фамилии.

Основа фамилии — прозвище Кибала. Его происхождение неочевидно, и здесь есть две основные версии. Первая связывает слово «кибала» с тюркскими языками: в тюркском «кибала» могло означать «судьба», «рок», но в украинских говорах это слово закрепилось в значении «неуклюжий человек», «увалень». Вторая версия — диалектная, от глагола «кибати» (качать, колебать): так могли прозвать человека с раскачивающейся походкой или того, кто работал с чем-то подвижным, например, с лодкой или качелями. Оба варианта правдоподобны, и оба указывают на прозвище, данное по внешности или поведению.

В отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые преобладают в великорусских областях, Кибаленко — маркер именно украинской антропонимической традиции. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в русских землях встречается форма Кибалов, а в украинских — ещё и Кибальник, Кибальчук. Все они восходят к тому же прозвищу, но суффиксы расходятся по региональному принципу.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым: в реестрах казацкой старшины и мещан Гетманщины попадаются как рядовые казаки Кибаленки, так и крестьяне. Дворянского герба эта фамилия не получила, что типично для поздних фамилий на -енко, не вошедших в общероссийские родословные книги.