Фамилия Кибисева — женская форма, а её мужской вариант — Кибисев. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс -ев. Этот суффикс указывает на принадлежность: Кибисев — значит «сын Кибися» или «человек из рода того, кого звали Кибис».

Корень фамилии — «кибис» — скорее всего, восходит к тюркскому слову «кибис» или «кебис», которое в разных диалектах означало «сварливый», «склочный» человек, а иногда — «упрямый», «несговорчивый». В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, где были сильны тюркские влияния, слово «кибис» могло закрепиться как прозвище для человека с неуживчивым характером. Встречается и другая, менее вероятная версия: от диалектного «кибить» — гнуть, сгибать. Тогда прозвище Кибис могли дать горбуну или сутулому человеку, но это предположение не подтверждается словарями русских говоров.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Кибисевы встречаются в основном в Оренбургской области и в Башкортостане. Это регионы с традиционно смешанным русским и тюркским населением, что косвенно подтверждает версию о тюркском происхождении основы. Других крупных очагов фамилии в России нет.

С фамилией Кибисев не связано известных дворянских родов или знаменитых исторических личностей. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были крестьянами или казаками, которые получили прозвище за свой нрав. В сословном обществе прозвище закрепилось в документах как родовое имя и дошло до наших дней.