Фамилия Кибисов — один из тех случаев, когда русское окончание скрывает иноязычную основу. Скорее всего, перед нами русифицированный вариант литовской фамилии Кибис. Её корень — литовское слово kibis, что значит «репейник». Прозвище могли дать цепкому, назойливому человеку, от которого трудно отвязаться, — примерно как от репья. Но у того же слова было и второе, бытовое значение — «крючок». Тут открывается другая версия: Кибисом могли прозвать рыбака (крючок — главный инструмент) или, шире, мастера, работавшего с крючьями. Так что фамилия могла родиться и из прозвища по характеру, и из профессионального именования.

География фамилии плотно привязана к западу России и бывшим литовским землям. В Книге памяти Смоленской области записан Кибисов Герасим Игнатьевич, 1888 года рождения, из деревни Городище Велижского района. Велиж — исторически спорная территория, где веками смешивались славянское и балтское население, так что литовский след здесь естественен. Ленинградский мартиролог фиксирует Кибисова Николая Федоровича, родившегося в 1886 году в Витебской губернии (Витебский уезд, Лесковичская волость). А в Книге памяти Красноярского края упомянут Кибисов Семен Григорьевич, 1898 года рождения, выходец из той же Смоленской губернии. Все три записи — начала XX века, и все они подтверждают, что ядро фамилии находилось на стыке нынешних Смоленской, Витебской и, вероятно, Псковской областей — то есть в зоне давних литовско-русских контактов.

Словообразовательная модель проста: к литовской основе Kibis добавили русский патронимический суффикс -ов, что типично для адаптации нерусских фамилий в XIX веке. Изначально Кибисов — «сын Кибиса». Фамилия редкая, в общероссийских списках нечастотная, и её носители, скорее всего, потомки крестьян или мещан из западных губерний.