Фамилия Кидинова — женская форма фамилии Кидинов, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Кидин. Скорее всего, оно образовано от диалектного слова «кида» или «кид». В русских говорах «кидой» могли называть непостоянного, ветреного человека, того, кто «кидается» из стороны в сторону, меняет решения. В некоторых областях «кид» означало «бросок», «метание», и такое прозвище мог получить человек с резкими, порывистыми движениями или вспыльчивый.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слово «кидин» (задний, находящийся сзади), которое могло стать основой для прозвища. Однако для фамилии, бытующей в центральной России, первая версия — от русского диалектного слова — выглядит более естественной.

Суффикс -ов- в фамилии Кидинов (а значит, и в Кидинова) указывает на типичную модель образования русских фамилий в XVI–XVII веках: притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?» — «сын Кидина». То есть предок носителя фамилии был сыном человека по прозвищу Кидин.

Фамилия довольно редкая, её географическое распространение невелико. Встречается преимущественно в Поволжье и некоторых областях центральной России. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с фамилией Кидиновы, что говорит о её простонародном происхождении — дворянской эта фамилия не была.