Фамилия Кикалис — редкий для России случай, когда фамилия имеет отчетливые балтийские корни, а точнее — литовские или латышские. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, окончание -ис выдает фамилию, сформированную по модели литовских антропонимов. В Литве и исторической Жемайтии суффикс -ис типичен для фамилий, образованных от прозвищ или личных имен, и часто указывает на принадлежность к определенному роду или месту.

Основа фамилии восходит к литовскому слову kikė или kikėlis. В диалектах литовского языка так называют небольшой клок сена, пучок или клочок. Прозвище Кикалис могли дать человеку с неопрятными, торчащими в разные стороны волосами, похожими на сенную труху. Другая, более прозаичная версия: прозвище закрепилось за крестьянином, который занимался заготовкой сена или жил возле сеновала. В русских говорах Псковщины и Смоленщины, где веками жили литовцы и латгальцы, слово «кика» означало «коса» или «пучок волос», что поддерживает первую гипотезу.

Словообразовательная модель проста: корень кикал- и типичный литовский суффикс -ис, указывающий на мужской род. В русском языке фамилия сохранила исходное окончание без русификации. Это говорит о том, что носители фамилии либо долго сохраняли национальную идентичность, либо фамилия была записана в документах уже в литовской форме и не адаптировалась под русские суффиксы. Среди однокоренных фамилий в Литве встречаются Кикальнис и Кикалёнис, что подтверждает продуктивность этого корня в балтийской ономастике.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам России, куда в XIX веке переселялись литовские крестьяне: Калининградская, Псковская, Брянская области, а также к Литве и Латгалии (восток Латвии). Встречается и среди литовцев, эмигрировавших в США в начале XX века. По сословной принадлежности предки Кикалисов почти наверняка были крестьянами или мелкими ремесленниками — фамилия не имеет дворянского суффикса -ский и не связана с топонимом, что исключает шляхетское происхождение.

Итог: Кикалис — балтийская фамилия, в основе которой лежит прозвище по внешнему признаку (торчащие волосы, похожие на клок сена) или по занятию (сенокос). Она не русифицировалась, сохранив литовское окончание, и указывает на крестьянские корни из северо-западных губерний Российской империи.