Фамилия Кикаев — редкий случай, когда прозвищная основа не вписывается в привычные модели русских фамилий на -ов. Она образована по типичной модели: к основе Кикай (или Кика) прибавили патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Кикая). Но вот само слово «кикай» в русском языке не зафиксировано ни как имя, ни как нарицательное. Это заставляет искать корни за пределами славянской лексики.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В татарском, башкирском, казахском языках есть корень «кик/кык» со значением «упрямый», «своенравный», «дерзкий». В форме «Кикай» это могло быть прозвищем человека с крутым нравом или непокорным характером. В пользу этой версии говорит и география: фамилия Кикаев встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где веками шло смешение славянского и тюркского населения. Мордовские и чувашские корни также возможны, но менее проработаны в ономастике.

Менее убедительная гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «кика» — так в некоторых говорах называли головной убор замужней женщины (кичка, кика). Но тогда фамилия выглядела бы как Кикин, а не Кикаев, поскольку суффикс -ин указывает на принадлежность к женскому прозвищу, а -ев — к мужскому. Поэтому версия с женским головным убором почти наверняка ошибочна.

В дореволюционных метрических книгах Кикаевы встречаются в основном среди крестьян и мещан. Никаких дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано. Сословный потолок предков — податное сословие, чаще всего государственные крестьяне. Ударение в фамилии плавает: в одних семьях говорят Кикáев, в других — Кúкаев. Оба варианта допустимы, хотя исторически тюркские основы обычно сохраняют ударение на последнем слоге основы.