Фамилия Кикаева образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени через суффикс -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — «Кикай». Мужская форма — Кикаев, женская — Кикаева.

Ключ к происхождению — слово «кика» или «кичка». В древнерусском языке и диалектах «кика» — это женский головной убор с рогами, который носили замужние крестьянки. Прозвище Кикай могли дать человеку, который носил такую кику (возможно, мужчине за какую-то особенность внешности или поведения, связанную с этим убором), либо тому, кто её изготавливал — мастеру-кичечнику. В говорах слово «кикать» означало «кричать, плакать», поэтому возможна и вторая версия: прозвище Кикай могли получить крикливый, плаксивый человек или, наоборот, тот, кто громко и резко отдавал команды.

С географической точки зрения фамилия Кикаев/Кикаева встречается в разных регионах России, но заметно чаще — в Поволжье и на Урале, где были сильны традиции русского северного костюма с кичкой. Встречается она и у некоторых тюркских народов, но там её корни, скорее всего, иные — от тюркского имени или прозвища (например, «кикай» могло быть производным от «кик» — «твердый, крепкий»). Однако для русской фамилии версия с головным убором выглядит наиболее прямой и исторически обоснованной.

В отличие от фамилий на -ин (типа Кикин), суффикс -ев указывает на то, что прозвище отца оканчивалось на -ай, -ей или -ий. Форма «Кикай» — типичное для русских говоров прозвищное имя, которое со временем закрепилось как фамильное. Социально предки носителей фамилии Кикаева, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, жившими в центральной или северной части России.