Фамилия Киканова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Киканов. В центре внимания здесь не столько корень, сколько суффикс. В русских фамилиях суффикс -анов встречается реже, чем -ов или -ин, и почти всегда указывает на тюркское или восточное происхождение основы. Если бы фамилия была чисто славянской, мы бы ожидали форму Киканов от прозвища Кикан с суффиксом -ов, но -анов — это изменённый вариант под влиянием языков, где -ан было распространённым личным именем или прозвищем.

Самая вероятная версия — происхождение от имени Кикан. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «кик» или «кык» означает «упрямый», «своенравный», а суффикс -ан образует имя или прозвище: Кикан — «упрямец», «непокорный». Такие прозвища давали людям с характером, и они легко переходили в фамилии. Вторая, менее вероятная версия — от русского диалектного слова «кикать» (кричать, пищать, издавать резкий звук). Тогда Киканов — сын того, кто кикал, то есть крикливого человека или, возможно, птицелова (кика — подражание крику птицы). Но тюркский след надёжнее: фамилия встречается в Поволжье и на Урале, где исторически сильны татарские и башкирские корни.

География фамилии Киканова подтверждает эту версию. Основные очаги — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. В центральной России она редка. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, что типично для фамилий, образованных от прозвищ в XVI–XVIII веках, когда шёл активный учёт населения и закрепление родовых имён.

Интересная деталь: в некоторых говорах «киканом» называли задиристого петуха, что тоже отсылает к характеру. Но это уже народная этимология, которую не стоит путать с научной. Споров вокруг фамилии нет — она однозначно восходит к прозвищу, а не к географическому названию или профессии.