Фамилия Каканова — женская форма мужской фамилии Каканов. В русской традиции такие фамилии образуются с помощью суффикса -ов, что указывает на принадлежность: «чей?» — Каканов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Какан. Основа здесь — слово «какан», которое может быть либо прозвищем, либо диалектным названием.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем. В тюркских языках «какан» (или «каган») — это титул верховного правителя, хана ханов. Прозвище Какан могли дать человеку властному, гордому или же тому, кто служил при знатном лице. Однако в русской среде такое прозвище скорее носило ироничный оттенок — так могли назвать заносчивого или важничающего крестьянина. Эта гипотеза подкрепляется тем, что фамилия встречается в регионах с сильным тюркским влиянием: в Татарстане, Башкирии, Оренбургской области.

Другая версия, менее распространённая, выводит фамилию из русского диалектного слова «какать» — пачкать, марать. В этом случае прозвище Какан давали неопрятному, неряшливому человеку. Но стоит учитывать, что в ономастике прозвища с корнем «как-» чаще связывают с детской речью (кака — нечистоты), и такие фамилии обычно редки и стилистически снижены. Для фамилии Каканов эта версия возможна, но менее вероятна, чем тюркская, из-за географии распространения.

По словообразовательной модели фамилия типична для восточнославянского ареала: основа + суффикс -ов. Интересно, что ударение в фамилии может падать как на второй слог (Кака́нов), так и на первый (Ка́канов) — это зависит от местной традиции произношения. Второй вариант сближает фамилию с уменьшительной формой имени или прозвища, что тоже не исключает тюркского происхождения (например, от имени Как, Какай).

Таким образом, скорее всего, предок носителя фамилии Каканов получил прозвище по тюркскому титулу или по сходству с ним — напрямую или через иронию. Фамилия не относится к числу дворянских и распространена в основном в Поволжье и Приуралье, что подтверждает её восточные корни.