Фамилия Каканов в большинстве случаев — отчество второго порядка: «чей?» — Каканов, то есть сын Какана. Само прозвище Какан не имеет однозначного объяснения, и здесь сталкиваются несколько языковых традиций.

Самая яркая версия ведёт к киргизскому эпосу «Манас», где словом «какан» называли китайского императора. Если предок получил такое прозвище, он мог быть либо человеком, побывавшим в Китае или торговавшим с ним, либо просто обладателем внешности или манер, которые напоминали окружающим образ «какана» — далёкого владыки. В тюркских языках слово закрепилось именно как обозначение императора, и это придаёт прозвищу скорее статусный, чем бытовой оттенок.

Другая линия — русская диалектная. В некоторых говорах «кайкан» (с утратой йота — «какан») означало морского судака. Тогда прозвище могло принадлежать рыбаку, либо человеку, чем-то похожему на эту рыбу — например, худому или с большими глазами. Версия с судаком проста и правдоподобна для северных и приморских регионов, где ловили эту рыбу.

Третья версия — татарская, от глагола «каклану» (вялить, сушить). В таком случае Какан — прозвище по занятию: тот, кто вялил рыбу или мясо, заготавливал впрок. Это ремесленное прозвище, распространённое в Поволжье и Приуралье, где татарское влияние на русские фамилии было сильным.

Есть и более спорное объяснение: от тюркского «как» (сушёный) и «ан» (рассудок). Якобы «сушёный рассудок» — намёк на недальновидность. Эта версия выглядит натянутой: в тюркских языках слово «ан» в значении «ум» встречается, но сращение «как-ан» как устойчивое прозвище не зафиксировано в ономастических источниках.

Наконец, Каканов мог возникнуть как топонимическая фамилия от названия города Коканд (Ферганская долина). Переход «Коканд» → «Какан» при произношении возможен, но маловероятен: в русской традиции выходцы из Коканда получали фамилии Кокандов, Коканцев, а не Какановы.

Итог: наиболее убедительны версии от киргизского «какан» (император) и от русского «кайкан» (судак). Первая — для южных степных областей, вторая — для русского Севера. Татарский след с вялением рыбы — третий по вероятности. Фамилия редкая, и её носителям стоит искать корни в тех регионах, где пересекались русские, тюркские и киргизские влияния.