Фамилия Килейникова — женская форма фамилии Килейников. Её основа — прозвище или профессиональное именование Килейник. Чтобы понять корень, нужно разобраться с двумя вероятными источниками.

Первый и самый правдоподобный вариант связан с диалектным словом «килей» или «киль». В южнорусских и украинских говорах так называли кильку, мелкую рыбу. Килейником могли прозвать рыбака, торговца килькой или человека, который был мал ростом и худ — в народе такие сравнения с мелкой рыбёшкой не редкость. В этом случае фамилия образована по продуктивной модели: род занятий или внешняя черта → прозвище на -ник → фамилия на -ов.

Второй вариант ведёт к слову «киль» в значении «клин» или «выступ». В северных говорах «килей» иногда обозначало деревянный брус, клин, которым что-то подпирали. Тогда Килейник — плотник или столяр, делавший такие детали. Версия менее распространённая, но не исключённая: плотницкое дело давало много фамилий по инструменту или изделию.

Суффикс -ник в основе фамилии указывает на то, что прозвище было связано с постоянным занятием или характерным признаком, а не с единичным случаем. В русской ономастике такие фамилии (Скорняков, Рыбников, Килейников) типичны для среды ремесленников и крестьян, где прозвище закреплялось за родом деятельности.

Географически фамилия Килейников редкая. Её следы, по данным из открытых источников, ведут в основном в Воронежскую и Ростовскую области — регионы, где рыболовство и торговля рыбой были традиционными промыслами. Это косвенно подтверждает «рыбную» версию: в тех краях кильку называли именно «килей».

Ударение в фамилии, скорее всего, на второй слог: Киле́йников. В женской форме — Киле́йникова. Окончание -а — обычный грамматический показатель женского рода в русских фамилиях на -ов/-ев.