Фамилия Кильколых — одна из тех, что сразу привлекает внимание своей необычностью. Первое, что бросается в глаза, — окончание «-ых». Это верный признак севернорусского или сибирского происхождения. Такие фамилии (Кильколых, Скородедовых, Белых) закрепились в родительном падеже множественного числа и отвечали на вопрос «Чьи?». Первоначально это была фамилия целой семьи или рода: «Кильколых» означало «из семьи Кильколыха». В центральных и южных регионах России такие формы не прижились, а вот в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях и в Сибири они были нормой.

Основа фамилии — прозвище Кильколых. Слово составное, и его разбор даёт две основные версии происхождения. Первая, наиболее вероятная, связана с рыбным промыслом. «Килька» — мелкая промысловая рыба семейства сельдевых. «Колыхать» в русских говорах означало «качать, колебать, шевелить». Прозвище Кильколых могли дать рыбаку, который тряс сети, выбирая из них кильку, или человеку, который на берегу перебирал и «колыхал» улов. Вторая версия — звукоподражательная или описательная. В северных говорах слово «киль» могло означать «клюв» или «нос», а «колыхать» — «качать». Прозвище могло закрепиться за человеком с длинным носом, который он имел привычку покачивать, или за тем, кто постоянно кивал, «колыхал килем». Эта гипотеза менее убедительна, так как не опирается на устойчивые диалектные сочетания, в отличие от первой, где оба корня прямо указывают на конкретное занятие.

Словообразовательная модель проста: прозвище Кильколых → фамилия Кильколых (с нулевым суффиксом, так как окончание «-ых» уже превращает прозвище в фамилию). Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Кильколы́х, хотя в бытовой речи возможны варианты. Фамилия редкая, в списках частотных русских фамилий не встречается. Её носители, вероятно, выходцы из Поморья или северных районов, где рыболовство было основным промыслом. Сословной принадлежности не установить: прозвище могли дать как государственному крестьянину, так и оброчному, но в любом случае предок был человеком, тесно связанным с рекой или морем.

Сравнивать фамилию с однокоренными сложно: прямых аналогов в русской ономастике почти нет. Можно вспомнить фамилию Колыхалов (от глагола «колыхать»), но она образована по другой модели — с суффиксом «-ов». Кильколых стоит особняком: это не переосмысленное имя и не ремесло в чистом виде, а живое, почти глагольное прозвище, застывшее в северной грамматической форме.