Фамилия Киндибалюк — редкий образец украинской фамилии, образованной от прозвища или мирского имени. Её основа — слово «киндибал» (или «киндибаль»), которое в украинских говорах имеет два основных значения. Первое — «колченогий, хромой человек», то есть тот, кто ходит вперевалку, прихрамывая. Второе — «неповоротливый, неуклюжий», что могло быть прозвищем по характеру или походке. Встречается и вариант «киндибала» — так в некоторых регионах называли бродягу или нерасторопного работника.

Суффикс -юк указывает на то, что фамилия сформировалась на западноукраинских землях, особенно в Волынской, Ровенской, Хмельницкой областях, а также в приграничных районах Беларуси. В украинской ономастике суффикс -юк — один из самых распространённых патронимических показателей, он значит «потомок, сын»: Киндибалюк — буквально «сын Киндибала». Таким образом, родоначальника звали Киндибал (или Киндибала), и прозвище это дали ему за особенности телосложения или поведения.

В отличие от более частых фамилий на -енко, которые преобладают в центральной и восточной Украине, фамилии на -юк типичны для Правобережья, где исторически сильнее было влияние польской административной системы и где патронимы оформлялись именно так. Киндибалюк — не дворянская и не крестьянская в строгом смысле, а скорее казацкая или мещанская: прозвища такого типа давали в среде простых людей, без привязки к сословию.

Однокоренные фамилии — Киндибал, Киндибалов, Киндибалюк — встречаются крайне редко, что делает эту фамилию ценной для генеалогии. Если искать предков, стоит обратить внимание на метрические книги Волынской губернии XIX века — именно там фиксируется наибольшая концентрация носителей.