Фамилия Киндикова — женская форма, а её мужской вариант Киндиков. В основе фамилии лежит личное именование или прозвище Киндик. Самая вероятная версия связывает его с тюркским словом «киндик» — «пуповина», «центр». Пуповина в тюркской культуре — не просто анатомическая деталь, а символ начала, связи с родом, иногда даже «середины» мира. Поэтому Киндиком могли назвать ребёнка, родившегося в центре событий, либо, что тоже правдоподобно, дать такое прозвище лидеру, «центровому» человеку, главарю.

Есть и альтернативная, марийская версия: от слова «кинде» — «хлеб». Если предок был пекарем или хлеботорговцем, прозвище Киндик (по аналогии с «хлебом») закрепилось бы легко. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия встречается в Поволжье, где марийский и тюркский языки веками соседствовали.

Третья версия выводит фамилию из ряда Киндяков. В старину на Руси «киндяк» означал и хлопчатобумажную ткань, и кафтан из неё. Человека, который носил такой кафтан или торговал этой тканью, могли прозвать Киндик. Форма Киндиков тогда — результат упрощения исходной фамилии Киндяков, что для русской ономастики обычное дело.

Менее убедительна гипотеза о происхождении от греческих имён Киндей («опасный») или Акиндин («безопасный»). Слишком далёкое фонетическое расстояние, и нет следов таких имён в бытовой среде, где формировались фамилии. Вероятнее, что перед нами чисто прозвищная или тюркская основа.

Так или иначе, Киндикова — фамилия с запутанной, но живой этимологией, где тюркские, марийские и древнерусские корни переплелись в одном слове.