Фамилия Киндикбаев — один из тех случаев, где разбор начинается не с корня, а с ареала бытования. Она почти наверняка указывает на происхождение из тюркоязычной среды, скорее всего из казахской, башкирской или ногайской. Основа «Киндик» — это не случайный набор звуков, а личное имя или прозвище, которое до сих пор встречается у казахов.

Ключ к пониманию — слово «кіндік» (киндік) в тюркских языках. Прямое значение — «пупок», «пуповина». В переносном смысле так могли назвать младшего, любимого ребёнка, «пуповину» рода или, наоборот, человека, родившегося с какой-то особенностью, связанной с пуповиной (например, с узлом или длинным остатком). В казахской антропонимии имя Киндик (Кіндік) фиксировалось как охранительное: считалось, что такое «некрасивое» имя отведёт от ребёнка сглаз и злых духов. Суффикс «-баев» — типичный для тюркских фамилий патроним, образованный от слова «бай» (богатый, хозяин, уважаемый человек). Полная конструкция «Киндикбай» значит «богатый (уважаемый) как Киндик» или «Киндик-бай» — двусоставное имя, где первая часть уточняет вторую.

Модель образования проста: от личного имени Киндикбай (Кіндікбай) через русский суффикс принадлежности «-ев» получилась фамилия Киндикбаев. Это типичная «фамилия-патроним»: сын Киндикбая. Встречается она преимущественно в Казахстане, а также среди башкир и татар, где есть аналогичные имена. В русском контексте фамилия редкая и почти всегда указывает на тюркские корни предков.

Споров вокруг этимологии почти нет: тюркское происхождение очевидно. Единственный нюанс — в некоторых диалектах слово «киндик» могло означать «середина», «центр» (отсюда, например, «киндик» как центр мира в космологии). Но для фамилии эта версия выглядит натянутой: прозвище «Центровой» маловероятно в качестве основы для личного имени, а вот охранительное имя «Пупок» — вполне реальная практика у многих народов. Поэтому основной остаётся связь с ребёнком, рождением и защитой от зла.

В исторических записях фамилия не фигурирует в дворянских родословных или купеческих списках Российской империи — это говорит о её простонародном, крестьянском или кочевническом происхождении. Носители фамилии Киндикбаев, скорее всего, потомки скотоводов, земледельцев или ремесленников из степных регионов. Ничего уникального в суффиксе нет — «-баев» один из самых частых в тюркских фамилиях, но сочетание с редкой основой «Киндик» делает фамилию узнаваемой и не допускает путаницы с более массовыми Киндиковыми или Киндеевыми.