Фамилия Киндоров — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не внешность, а, скорее всего, географическое прозвище. Её ядро — «Киндор» — не встречается в святцах и не является распространённым славянским именем. Скорее всего, это либо прозвище человека, пришедшего из конкретного места, либо адаптация иноязычного слова.

Самая вероятная версия отсылает к топониму Киндор. Такое название носят несколько небольших рек и урочищ в Пермском крае и на Урале. В этом случае прозвище Киндор давали выходцу из тех мест, а фамилия Киндоров, по модели «от названия местности + -ов», означала «сын человека по прозвищу Киндор». На Урале и в Прикамье фамилии, образованные от местных речек и селений, — явление обычное, и именно эта версия выглядит самой правдоподобной.

Менее убедительна версия о тюркском корне. В казахском и башкирском языках слово «киндер» означает «конопля». Прозвище Киндор могли дать крестьянину, занимавшемуся выращиванием или обработкой конопли. Однако для тюркских фамилий более типичен суффикс -ов/-ев, но в русской среде такое прозвище могло закрепиться именно с этим окончанием. Эта версия возможна, но уступает географической, так как не объясняет отсутствие других однокоренных фамилий (например, Киндеров, Киндюков) в тех же краях.

В написании фамилии есть одна деталь: ударение падает на первый слог — Киндоров, а не на второй. Это тоже указывает на топонимическое происхождение, где ударение фиксировано по месту названия. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и встречается в основном на Урале и в Западной Сибири. В дореволюционных метрических книгах её можно найти в Пермской и Вятской губерниях.