Фамилия Киндиров — редкий случай, когда прозвище или имя, лежащее в основе, почти наверняка имеет тюркские корни, но точное значение зависит от того, с какого языка его читать.

Самый вероятный источник — тюркское слово «киндир» или «кендир», которое означает «конопля». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) это растение называли киндер, кендир, кандала. Прозвище Киндир могли дать либо крестьянину, который занимался выращиванием и обработкой конопли (важнейшего сырья для канатов и грубой ткани), либо человеку с очень жесткими, «конопляными» волосами. Фамилии от названий растений и ремесел — обычное дело, но в данном случае основа редкая.

Вторая версия, менее распространенная, но имеющая право на существование: «киндир» (или «гюндир») в некоторых тюркских диалектах могло означать «дневной», «солнечный» — как прозвище светловолосого или смуглого человека. Однако связь с коноплей для фамилий крестьянского типа более логична и встречается чаще (ср. фамилии Коноплёв, Пеньков).

Суффикс -ов указывает на классическую русскую модель образования отчества: «чей?» — Киндиров, то есть сын Киндира. Это говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где русский язык был основным, но основа была заимствована из тюркского. Географически такая фамилия характерна для Поволжья, Приуралья или южных регионов России, где было сильное татарское, башкирское или казахское влияние. Встречается она редко, и носители часто имеют смешанное этническое происхождение.

Написание через «и» в первом слоге (Киндиров, а не Кендиров) — это результат адаптации тюркского звука «э» или «е» в русской записи, где он часто переходит в «и» в безударной позиции. В дореволюционных метриках можно найти варианты Кендиров или Киндяров, что подтверждает колебания в передаче звука.