Фамилия Кипер — редкий случай, где сталкиваются два совершенно разных мира: русская природа и западноевропейские ремёсла. В русской традиции основой могло стать нецерковное имя Кипер: так в старину называли траву-ковыль. Дети и внуки человека с таким прозвищем получали фамилию по отцу — Киперов, а со временем фамилия могла закрепиться в краткой форме Кипер, без суффикса. Такая модель встречается, но для славянских фамилий она нетипична: обычно фамилии на -ов/-ев или -ин образуются от имён на согласный, а бессуффиксные формы чаще возникали у выходцев из других языковых сред.

Гораздо убедительнее выглядит версия о западном корне. Слово kipper из английского языка означает «копчёная рыба» (обычно сельдь). В немецком языке близкое слово (Kipper) называло обрезчика монет — ремесленника, который обрезал металл с краёв монет для переплавки. Обе профессии были конкретными и хорошо известными в средневековой Европе. Фамилия могла попасть в Россию вместе с переселенцами, мастерами или купцами — особенно в эпоху Петра I, когда в страну активно приглашали иностранных специалистов.

Скорее всего, именно английское kipper и послужило основой для фамилии. В пользу этого говорит и географическая привязка: среди носителей фамилии Кипер в России много тех, чьи предки жили в портовых городах или регионах, где была развита торговля с Англией. В любом случае, фамилия не массовая и не типично русская по словообразованию — это скорее след культурного и языкового контакта.