По одной из них, эта фамилия образована от нецерковного имени Кипер, восходящего к нарицательному «кипер»: так в старину называли траву-ковыль. Согласно другой гипотезе, фамилия Кипер имеет иностранное происхождение. В этом случае она может быть образована от слова kipper, которое в переводе с английского означает «копчёная рыба», с немецкого – «обрезчик монет». Тогда она содержит указание на профессию предка. Скорее всего, именно английское слово и послужило основой для этой фамилии.