Фамилия Киперко — один из показательных примеров того, как украинская модель фамилии с суффиксом -ко закрепилась в русском ономастиконе. Суффикс -ко в украинской традиции — это уменьшительно-ласкательная или принадлежностная форма, часто указывающая на сына или потомка человека, названного в основе. То есть Киперко — это «сын Кипера» или «маленький Кипер».

Сама основа «Кипер» — прозвище или профессиональное именование. Тут возможны два основных варианта. Первый — от немецкого «Kieper» или «Kiper», что в диалектах означает «корзинщик» или «плетельщик коробов». Второй, более вероятный для восточнославянской среды, — от тюркского «кяпир» или «кипир», что значит «неверный», «иноверец». В южнорусских и украинских землях, где контакт с тюркскими народами был обычным делом, такое прозвище могли дать человеку, который вёл себя не по-христиански, либо выходцу из татарской или турецкой среды, принявшему православие. Есть и третий, более редкий вариант: от польского «kiper» — «виночерпий», «дегустатор вин», но это скорее локальная версия для западных регионов.

Географически фамилия Киперко тяготеет к левобережной Украине и югу России. В реестрах Войска Запорожского встречаются фамилии с корнем «Кипер», что подтверждает казачье происхождение многих носителей. В XIX веке Киперко фиксируются в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях — регионах, где украинская фамильная модель на -ко была доминирующей.

С точки зрения словообразования, фамилия Киперко не имеет русского патронимического суффикса (-ов, -ев, -ин), что прямо указывает на её украинские корни. В русскую среду она попала через миграцию крестьян и казаков в XVIII–XIX веках. В отличие от фамилий на -енко, которые массово русифицировались, фамилии на -ко часто сохраняли исходную форму, хотя могли менять ударение.

Спорных версий происхождения немного. Гипотеза о связи с греческим «кипер» (кипарис) — несостоятельна: для такой основы нет ни географической, ни исторической базы. Также маловероятна связь с английским «keeper» — это результат позднейшего народного переосмысления, не имеющий отношения к реальному происхождению.

Таким образом, предки человека с фамилией Киперко, скорее всего, были украинскими казаками или крестьянами, а само прозвище могло указывать либо на занятие плетением, либо на происхождение от иноверца, принявшего православие.