Фамилия Киркалан — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, что сразу указывает на иноязычную основу или на позднее, искусственное происхождение. Скорее всего, перед нами «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта.

Наиболее вероятная версия связывает её с молдавским или румынским топонимом Кыркалан (Cârcălan) — так называется село в жудеце Брэила на востоке Румынии. В этом случае фамилия могла возникнуть у выходца из этого села, который получил прозвище по месту жительства. В русском языке название адаптировали, заменив румынское â (звук, близкий к «ы») на «и», что часто делали при записи фамилий молдавских переселенцев в документах XIX века.

Есть и другая, менее очевидная, но возможная версия: фамилия могла быть образована от прозвища Киркалан, которое, в свою очередь, связано с тюркскими корнями. В тюркских языках «кир» означает «поле, степь», а «калан» — «остаток» или «крепость». Такое прозвище могли дать человеку, жившему у степных развалин или на границе. Однако эта гипотеза слабее, так как не подкреплена частотностью подобных фамилий в тюркоязычных регионах.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет славянского суффикса, а значит, она не склонялась по падежам в исходной форме и могла быть зафиксирована в русских документах как есть. Встречается она преимущественно на юге России и в Причерноморье, что косвенно подтверждает связь с румынским или молдавским регионом. Предки носителя фамилии Киркалан, скорее всего, были крестьянами или мещанами, переселившимися из Бессарабии или Валахии в XIX веке.