Фамилия Кишкилева образована от мужского именования Кишкиль. Чаще всего её связывают с болгарским словом «кишкил» — так называли кружку или металлический сосуд с длинной ручкой для зачерпывания воды. Вероятно, предок носителя фамилии либо делал такую посуду, либо постоянно ею пользовался, за что и получил прозвище.

Есть и другая версия, основанная на географии. В Кировской области протекает река Кишкиль (приток Вятки), рядом с ней стоит одноимённый посёлок. Название реки, скорее всего, восходит к тюркскому слову kyškiy — «зимний (северный) берег». В этом случае прозвище Кишкиль (или Кишиклев) давали человеку, который пришёл с этих мест. Такая привязка к конкретной реке и посёлку — редкая деталь, которая сразу указывает на возможную родину предков: Вятский край.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кишкиль прибавили суффикс -ев, обозначающий принадлежность («чей?»). То есть Кишкилев — это сын или потомок Кишкиля. Форма Кишкилева — женский вариант той же фамилии.

Учитывая, что обе версии (болгарская и тюркско-вятская) ведут к разным корням, более правдоподобной выглядит вторая. Болгарское слово «кишкил» достаточно узкое и бытовое, а вот гидроним (название реки) и топоним (название посёлка) — это реальная географическая привязка, которая объясняет, почему прозвище могло закрепиться и передаваться по наследству.