Фамилия Кишкорно — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа явно не славянская, а суффикс -о нехарактерен для русских фамилий, которые чаще оканчиваются на -ов, -ев или -ин. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, где окончание -о — норма (сравните: Шевченко, Коваленко). Или же это русифицированная запись польской или западноукраинской фамилии с исходным окончанием -о, которую при переписях просто не стали менять.

Корень «кишк-» почти наверняка связан со словом «кишка». Но прямое прозвище «Кишка» (или «Кишкорно») могло иметь разные смыслы. Первый — по профессии: так могли прозвать мясника, живодёра или торговца требухой. Второй — по внешности или здоровью: в народной речи «кишка» могла означать худого, тощего человека («кишка кишкой»). Третий вариант — бытовой: в некоторых говорах «кишкой» называли извилистую дорогу, узкий проход или даже длинный рукав одежды. Прозвище могло закрепиться за человеком, жившим в кривом переулке или носившим длинную свитку.

Словообразовательная модель Кишкорно нестандартна. Если это не фамилия-прозвище в чистом виде (как Голодно, Мокро), то здесь мог работать сложный суффикс -орн- или -орно. В украинской ономастике встречаются фамилии с формантом -орно (например, Поторно), но они редки. Возможно, это искажённая форма от «Кишкорний» (прилагательное со значением «кишечный»), которую упростили при записи. В любом случае, носитель фамилии Кишкорно — потомок человека, получившего прозвище по одному из этих признаков, и скорее всего, родом из украинских или белорусских земель, где фамилии на -о были массовыми.

Географически фамилия привязана к западным регионам бывшей Российской империи. В современных базах данных Кишкорно встречается единично, в основном в Украине и на юге России. Сословно — почти наверняка крестьянское или казацкое происхождение, без дворянских корней. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её редкий и локальный характер.