Фамилия Кишняскин — редкий пример, в котором славянская словообразовательная модель наслоилась на основу, скорее всего, тюркского или финно-угорского происхождения. Если отбросить фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа Кишняск-. Такая форма нехарактерна для русских имён или прозвищ, что заставляет искать корни в соседних языках.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с мордовским (эрзянским или мокшанским) словом «кишне» — «кнут, плеть». В тюркских языках есть схожее «кыш» — «зима» или «кышкы» — «зимний», но в русском языке эти корни обычно дают фамилии типа Кыштымов или Кышканов. Форма Кишняскин же ближе к диалектным вариантам, где суффикс -яск- мог быть адаптацией местного окончания. В этом случае прозвище Кишняска мог получить либо пастух, либо человек с резким, «хлёстким» характером.

С географической точки зрения фамилия привязана к регионам расселения мордвы — Нижегородской, Пензенской, Самарской областям, а также Мордовии. Именно там встречаются однокоренные фамилии Кишняев, Кишняков. Модель с суффиксом -яск- (как в фамилиях Митяскин, Тимошкин) встречается в Поволжье, но обычно она образуется от уменьшительных форм имён. Здесь же основа неканоническая, что указывает на прозвищное, а не крестильное происхождение.

Версия о том, что Кишняскин — это вариант фамилии Кишинский или Кишенский, маловероятна. Суффикс -скин типичен для фамилий из полных форм прилагательных (например, Горскин), а -ин — для фамилий из личных имён и прозвищ на согласный. Смешение двух разных суффиксов в одной фамилии — явление редкое и скорее всего результат ошибки писаря, но для фамилии Кишняскин форма с -ин устоялась.

Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, жил в мордовском или смешанном русско-мордовском селе, получил прозвище Кишняска (человек с кнутом или резкий на язык), а его дети стали Кишняскиными. Фамилия сохранила редкую основу, которая не встречается в центральных и северных регионах России, что делает её хорошим маркером поволжского происхождения.