Фамилия Кишняев образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — «Кишняй». Что скрывается за этим прозвищем — вопрос, на который у исследователей нет единого ответа, но есть несколько правдоподобных версий.

Самая прямая версия связывает прозвище Кишняй с диалектным словом «кишня» или «кишень». В южнорусских и украинских говорах «кишеня» — это карман. Кишняем могли прозвать человека, который носил что-то в кармане, торговал мелочью или, напротив, был неряшлив и всё терял. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «кишенить» — шарить по карманам, воровать. В таком случае прозвище Кишняй могло указывать на род занятий (мелкий воришка) или просто на привычку человека. Менее вероятна, но возможна связь с «кишеть» — то есть с тем, кто суетится, копошится, создаёт толчею.

Суффикс -ай в прозвищах часто придавал слову оттенок действия или характерного признака. В русской ономастике есть целый ряд подобных образований: Болтай, Ломай, Стреляй. Прозвище Кишняй, скорее всего, принадлежало человеку с яркой, заметной чертой поведения или внешности, которая бросалась в глаза окружающим.

Географически фамилия Кишняев не частая, но встречается в Поволжье, особенно в Пензенской и Ульяновской областях, а также в Мордовии. Это может указывать на то, что корни фамилии — из районов, где смешивались русские, мордовские и тюркские говоры. Впрочем, основа остаётся славянской, и говорить о тюркском происхождении нет оснований: слово «кишня» не заимствовано, а исконное диалектное.

В целом, фамилия Кишняев — яркий пример того, как прозвище, данное по бытовой детали или привычке, закрепилось в роду и спустя несколько поколений стало официальным именованием. Носитель такой фамилии мог быть предком либо человеком с неспокойным, суетливым нравом, либо — что проще и прозаичнее — тем, кто промышлял мелким воровством или просто носил с собой много мелочи.