Фамилия Кишнякин — редкий случай, когда основа слова не очевидна на слух, а суффикс указывает на вполне конкретную модель образования. Это типичная «семейная» фамилия на -ин, то есть она отвечает на вопрос «чей?»: Кишнякин — значит сын или потомок Кишняки. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно крепится к основам, оканчивающимся на -а или -я, и здесь мы как раз видим исходное прозвище или мирское имя Кишняка.

Корень «кишн-» — самый спорный и интересный элемент. В русских говорах слово «кишня» или «кишняк» могло означать нечто мелкое, кишащее, например, мошкару или мальков рыбы. В. И. Даль в своём словаре фиксирует «кишня» как «мелкая рыбешка, мальга», а также в переносном смысле — «толпа, куча, много». Прозвище Кишняка могли дать человеку маленького роста, суетливому или тому, у кого было много детей (большая «кишня» ребятишек). Вполне вероятно, что это не оскорбительное прозвище, а бытовое, описательное, каких много в северных и центральных губерниях.

Есть и вторая версия, менее очевидная, но имеющая право на существование. В некоторых диалектах «кишня» — это разновидность мешка или котомки, которую носили за плечами. Тогда Кишнякой могли прозвать странника, нищего или просто запасливого человека, который всегда носил с собой торбу. Однако, учитывая, что фамилия встречается в основном в Поволжье (в частности, в Пензенской и Ульяновской областях), первая версия — от «кишни» как множества или мелкоты — выглядит предпочтительнее.

Обратите внимание на характерный суффикс -як-, который превращает корень в прозвище. Такая модель (Кишн-як-а) типична для древнерусских мирских имён: Рыжак, Глушак, Шевляк. То есть перед нами не просто человек с фамилией, а потомок человека, которого в XV–XVII веках звали не по крестильному имени, а по уличному — Кишняка. Фамилия Кишнякин, таким образом, хранит память о прозвище, которое, скорее всего, не имело отрицательного оттенка, а просто констатировало внешность или характер предка.