Фамилия Кисюкова — женская форма фамилии Кисюков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. В основе фамилии лежит имя или прозвище Кисюк. Это уменьшительная форма от канонического имени Кис (Кий) или, что более вероятно, от крестильного имени Акакий. В русском языке имя Акакий в просторечии нередко сокращалось до Кис, а затем с помощью уменьшительного суффикса -юк (характерного для украинской и южнорусской традиции) образовывалось Кисюк. Суффикс -юк указывает на «маленького» или «младшего»: Кисюк — буквально «маленький Кис». Другая версия, менее распространённая, связывает фамилию с прозвищем Кислый, которое давали человеку с кислым, ворчливым выражением лица. В этом случае Кисюк — тот же уменьшительный вариант: «сын Кислого».

Фамилия Кисюков (и Кисюкова) по своей модели образования — типичная фамилия на -ов, то есть «чей?» — «сын Кисюка». Такие фамилии массово формировались в XVI–XVII веках у крестьян, мещан и служилых людей, особенно в южных и центральных губерниях России, а также на Украине. Географически фамилия Кисюков встречается в основном в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани — то есть в регионах, где исторически был силён украинский диалектный слой. В этих местах суффикс -юк в фамилиях (как Бондарюк, Ковалюк) — обычное дело.

Самый редкий и спорный момент — возможная связь с именем Кис (Кий). В древнерусском языке «кий» означало «палка, посох», а в переносном смысле — «долговязый, худой человек». Однако имя Кий известно прежде всего как имя легендарного основателя Киева, и в народной среде оно могло употребляться как мирское, нецерковное имя. Если следовать этой версии, Кисюк — потомок человека по прозвищу Кий, что роднит фамилию Кисюкова с более известной фамилией Киев.

Сословной привязки у фамилии нет: Кисюковы могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается в метрических книгах сёл Курской губернии, где носители чаще всего записаны как государственные крестьяне или однодворцы. Однодворцы — особое сословие, потомки служилых людей, охранявших южные рубежи России, и их фамилии часто сохраняли архаичные черты.

Таким образом, Кисюкова — фамилия, за которой стоит либо уменьшительное от редкого имени Кис (Акакий), либо прозвищное Кисюк, и её корни уходят в южнорусские и украинские земли.