Фамилия Кисюкин — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, а не к шаблонным «корням». С первого взгляда она кажется типичной русской фамилией на -ин, но её основа неочевидна.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кисюкин — «сын Кисюки» или «человек из семьи Кисюки». Вопрос в том, что такое «Кисюка». Это древнерусское прозвище, и его происхождение спорно.

Наиболее правдоподобная версия связывает «Кисюку» с глаголом «киснуть» или прилагательным «кислый». В говорах «кисюка» могли назвать человека вялого, медлительного, постоянно недовольного — этакого «кисляя». Прозвища по характеру были распространены на Руси, и они легко закреплялись за родом. Альтернативная, но менее убедительная гипотеза выводит основу из диалектного «кис» — так в некоторых регионах называли щавель или кислую траву. Тогда «Кисюка» — это человек, который собирал или торговал этой зеленью. Слабая сторона этой версии в том, что прозвища от растений обычно образовывались через суффиксы -ов/-ев (Кислицын, Щавелёв), а не через -юк-.

Лингвист Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» упоминает, что модели с суффиксом -юк- (-ук-, -юк) характерны для украинской и белорусской ономастики, но в русских фамилиях они встречаются редко. Кисюкин мог возникнуть на стыке культур — в южнорусских областях, где смешивались диалекты, или среди переселенцев из Малороссии. Это отличает её от типичных «кислых» фамилий вроде Кислова или Кислицына, которые чисто русские по суффиксу.

Географически фамилия редка, её носители встречаются точечно, чаще в центральной России. Сословной привязки нет: прозвище могли дать как крестьянину, так и посадскому человеку. В писцовых книгах XVII века следов не найдено — фамилия, скорее всего, поздняя, оформившаяся в XIX веке, когда прозвища начали фиксировать в метриках.

Если подвести черту: Кисюкин — это фамилия от прозвища по характеру, с необычной для русского уха основой, которая выдает южнорусское или украинское влияние. Её носители — потомки человека, которого в деревне прозвали за кислый нрав или, реже, за занятие щавелем.