Фамилия Кисины происходит от личного прозвища Киса. Эта модель образования — типичная для русских фамилий: к основе прозвища добавлялся суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей потомок?» — Кисин).

У прозвища Киса было несколько смыслов, и сейчас трудно сказать, какой из них стал решающим для конкретного человека. Самое очевидное значение — ласковое название кошки. В переносном смысле Кисой могли назвать хитрого, льстивого человека, который «себе на уме». Однако у слова «киса» была и другая, бытовая сторона: так называли кошелек, денежный мешок или просто достаток. Следовательно, прозвище мог получить человек зажиточный. Кроме того, кисой в старину именовали мешок с кожаной затяжкой — своего рода заплечную сумку. Если предок был мастером по изготовлению таких кис, то прозвище переходило в разряд профессиональных, указывая на его ремесло.

Какая из версий правдоподобнее — вопрос открытый. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) «кошачьи» прозвища и фамилии от них — явление известное, но не самое частое. В то же время «киса» в значении «кошелек» или «сума» — слово не менее употребительное в диалектах, поэтому обе линии имеют право на существование. Точное время и место возникновения фамилии Кисины установить сложно: как и большинство русских фамилий, она складывалась постепенно, на протяжении нескольких веков.