Фамилия Кисенко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель, широко распространённая в Левобережной Украине, буквально означает «чей-то потомок»: Кисенко — «сын Кисы» или «потомок того, кого звали Кис». В основе лежит прозвище Киска, которое в народе давали человеку хитрому, льстивому, тому, кто «себе на уме». Сравнение с кошкой в славянской традиции редко было комплиментом: чаще оно указывало на изворотливость, скрытность или угодливое поведение — «подлиза», «ласкатель». Таким образом, родоначальник Кисенко мог быть человеком неглупым, но себе на уме, умеющим подстроиться ради выгоды.

Интересно, что прозвище Киска могло иметь и региональные оттенки. В некоторых говорах «киской» называли не только кошку, но и приманку для рыбы или небольшой мешочек — маловероятные, но возможные источники прозвища по роду занятий. Однако лингвисты склоняются к тому, что в фамилиях на -енко прозвищная основа почти всегда восходит к личной характеристике, а не к предмету.

Фамилия Кисенко — «кошачья» по происхождению, но не единственная в своём роде. К тому же гнезду относятся Кислов, Киселёв (от «кислый» — о характере) и, что ближе, Кислин, Кискин. Но Кисенко стоит особняком благодаря украинскому суффиксу, который сразу указывает на географию: корни фамилии — скорее всего, в Черниговской, Полтавской или Сумской областях, где фамилии на -енко особенно массовы.

Встречается фамилия и в России, но почти всегда — следствие миграций XVIII–XIX веков, когда украинские крестьяне и казаки переселялись на южные и восточные окраины империи. Сословно предки Кисенко, скорее всего, были казаками или крестьянами: патронимическая модель на -енко в XVII–XVIII веках была характерна именно для этих слоёв, а не для дворянства.

Споров вокруг происхождения фамилии почти нет: версия с кошкой-прозвищем — основная и самая убедительная. Альтернативная гипотеза, связывающая основу с именем Кис (гипокористика от Акакий или Исаакий), не выдерживает критики: для таких уменьшительных форм в украинской традиции использовались суффиксы -ко, -ец, а не -ка. Так что «кошачье» происхождение остаётся единственным правдоподобным.