Фамилия Киташенко — украинская по модели образования (суффикс -енко, типичный для Поднепровья и Левобережья), но в её основе лежит имя восточного, скорее всего тюркского происхождения. Суффикс -енко означает «сын» или «потомок», так что Киташенко — это буквально «сын Киташа».

Само имя Киташ — это, по всей видимости, сокращённая или адаптированная на славянской почве форма от более полного имени Кильташ. Оно составное, как и многие древние тюркские имена. Первая часть — «киль» — восходит к татарскому глаголу со значением «родился» или пожеланию «пусть родится». Вторая часть — «таш» — переводится как «камень». Таш было распространённым обрядовым именем: считалось, что оно дарит мальчику крепость, здоровье и выносливость, делает его характер твёрдым, несгибаемым, как камень.

В итоге имя Киташ (Кильташ) означает «пусть родится камень». Родители, называя так сына, желали ему стать могучим человеком с железной волей и сильным духом.

На украинских землях, где оседали выходцы из тюркской среды, такие имена нередко адаптировались, теряя начальный слог или меняя звучание. Так имя Кильташ превратилось в более простое для произношения Киташ, а затем, по распространённой модели, дало фамилию Киташенко. Носители этой фамилии — потомки человека, которого в своём окружении знали под прозвищем или именем Киташ.