Фамилия Киташев — относительно редкая и звучит необычно. Если отбросить суффикс -ев (который в русских фамилиях чаще всего означает «чей?» или «чей сын?»), остаётся основа «Киташ». Вот с ней и главная загадка. Самый прямой и правдоподобный путь — от тюркского слова «киташ». В ряде тюркских языков (татарском, башкирском) «киташ» или «кыташ» может означать «маленькая книга», «книжица», а в переносном смысле — «грамотей», «начитанный человек». В русской среде такое прозвище могли дать либо грамотному человеку, либо тому, кто торговал книгами, либо, иронично, писарю или дьячку.

Менее вероятная, но возможная версия — от имени собственного. В антропонимиконе народов Поволжья встречается имя Киташ (уменьшительная форма от более длинных имён вроде Китебай или Ахметкиташ). В этом случае фамилия Киташев — это отчество: «сын Киташа». В пользу этой гипотезы говорит характерный для восточно-русских земель суффикс -ев, который часто присоединялся к тюркским основам, оканчивающимся на шипящий.

Третья версия, более спорная, связывает фамилию с диалектным словом «кита» — так в некоторых говорах называли связку или пучок чего-либо (например, кита льна). Тогда «Киташ» мог быть человеком, который вязал снопы или торговал пучками товара. Однако эта версия уступает первой по частоте упоминаний в ономастических источниках.

Географически фамилия Киташев тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием — Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также встречается у русских старообрядцев на Урале. Сословно носители фамилии в XIX веке чаще всего были государственными крестьянами или мещанами, но встречались и в купеческой среде — возможно, как раз потомки тех самых «грамотеев» или книжников. В любом случае, основа фамилии указывает на связь с книжной или письменной культурой, что выделяет её на фоне множества «ремесленных» фамилий.